(1) Kaitseala asub Tartu maakonnas LuunjaKastre vallas KargajaAhunapalu, Kavastu ja Pajukurmu külasKastre, Meeksi vallas MeerapaluKõnnu, Lääniste, Terikeste ja ParapaluVõõpste külas, MäksaLuunja vallas Aruaia, KastreKavastu ja VõõpstePajukurmu külas, VaraPeipsiääre vallas Kargaja, Praaga, Rehemetsa ja Tähemaa külas, VõnnuTartu vallas AhunapaluPiiri, KõnnuSaare ja LäänisteTooni külas ning PiirissaarePõlva maakonnas Räpina vallas PiiriMeerapalu, SaareParapalu ja TooniPedaspää külas.
(2) Kaitseala välis- ja vööndite piir on esitatud kaardil määruse lisas4.
(1) Inimestel on lubatudKaitsealal võib viibida ning korjata marju, seeni ja muid metsa kõrvalsaadusi kogu kaitsealal, välja arvatud. Viibimine ei ole lubatud Koosa sihtkaitsevööndis asuval Koosa järvel. Koosa järvel on keelatud viibida 1. aprillist kuni 31. juulini, välja arvatud järelevalve- ja päästetöödel, kaitseala valitsemise ja kaitse korraldamisega seotud tegevusel ning, kaitseala valitseja nõusolekul teostataval teadustegevusel ning riiklikul eluslooduse seirel ja kaitstava loodusobjekti valitseja korraldatud eluslooduse uuringul ja inventuuril.
(2) Füüsilise isiku või eraõigusliku juriidilise isiku omandis oleval kinnisasjal viibimine on lubatud, arvestades asjaõigusseaduses ja looduskaitseseaduses sätestatut.
(3) Kaitsealal on lubatud jahipidamine, arvestades järgmisi tingimusi: 1) linnujaht on keelatud ajavahemikus 16. september kuni 30. november; 2) koprajaht on lubatud üksnes kaitseala valitseja nõusolekul; 3) Meerapalu ja Suursoo sihtkaitsevööndis on jahipidamine 15. veebruarist kuni 31. augustini lubatud üksnes kaitseala valitseja nõusolekul.
(4) Kaitsealal on lubatud kalapüük.
(5) Telkimine ja lõkke tegemine kaitsealal on lubatud ainult kaitseala valitseja nõusolekul selleks ette valmistatud ja tähistatud kohtades ning õuemaal maaomaniku nõusolekul. Eramaal on lõkke tegemine lubatud ka põllumajandus- ja metsatöödel ning kraavide hooldustöödel.
(6) Kaitsealal on lubatud sõidukiga sõitmine teedel ning mootorsõidukiga sõitmine Emajõe ja Peipsi järve jääkattel ja maastikusõidukiga sõitmine kaitseala veekogude jääkattel ja Piirissaarel lumikattega. Mujal on sõidukiga sõitmine lubatud ainult kaitseala valitseja nõusolekul, välja arvatud järelevalve- ja päästetöödel, kaitse-eeskirjaga lubatud töödel, kaitseala valitsemise ja kaitse korraldamisega seotud tegevusel, kaitseala valitseja nõusolekul teostataval teadustegevusel, koosluste hooldamisel, liinirajatiste hooldustöödel ning maatulundusmaal metsa- või põllumajandustöödel.
(7) Kaitseala vetel on lubatud ujuvvahendiga sõitmine, välja arvatud mootoriga ujuvvahendiga sõitmine Koosa järvel. Koosa järvel on mootoriga ujuvvahendiga sõitmine lubatud järelevalve- ja päästetöödel, kaitseala valitsemise ja kaitse korraldamisega seotud tegevusel ning kaitseala valitseja nõusolekul teostataval teadustegevusel.
Kaitseala valitseja nõusolekuta on kaitsealal keelatud: 1) muuta katastriüksuse kõlvikute piire ja sihtotstarvet; 2) koostada maakorralduskava ja teha maakorraldustoiminguid; 3) kehtestada detailplaneeringut ja üldplaneeringut; 4) anda nõusolekut väikeehitiselubada ehitada ehitusteatise kohustusega või ehitusloakohustuslikku ehitist, sealhulgas lautrilubada püstitada või paadisilla ehitamisekslaiendada lautrit või paadisilda; 5) anda projekteerimistingimusi; 6) anda ehitusluba; 7) rajada uut veekogu, mille pindala on suurem kui viis ruutmeetrit, kui selleks ei ole vaja anda vee erikasutuslubaveeluba, ehitusluba või nõusolekut väikeehitise ehitamiseksega esitada ehitusteatist; 8) jahiulukeid lisasööta.
(1) Sihtkaitsevööndis on lubatud: 1) olemasolevate ehitiste hooldustööd; 2) kuni 50 osalejaga rahvaürituse korraldamine.
(2) Sihtkaitsevööndis on kaitseala valitseja nõusolekul lubatud: 1) tee, tehnovõrgurajatisetehnovõrgu või -rajatise või tootmisotstarbeta ehitise püstitamine kaitsealal paikneva kinnistu või kaitseala tarbeks, välja arvatud ujuvehitised veekogudel, mis on lubatud vaid kaitseala tarbeks, ja rajatised Piirissaare sihtkaitsevööndis, kus ehitiste püstitamine on lubatud vaid kaitseala või riigikaitse tarbeks; 2) Apnassaare, Koosa, Meerapalu, Ahunapalu ja Suursoo sihtkaitsevööndis maaparandussüsteemide eesvoolude hoiutööd ning veerežiimi taastamine; 3) Apnassaare, Koosa, Meerapalu ja Suursoo sihtkaitsevööndis metsakoosluste kujundamine vastavalt kaitse-eesmärgile metsakultuuride esinemisaladel kasvukohatüübile omase struktuuri saavutamiseks 1. septembrist kuni 14. veebruarini; 4) kaitsealuste liikide elutingimuste säilitamiseks vajalik tegevus; 5) Piirissaare, Apnassaare, Koosa, Meerapalu ja Suursoo sihtkaitsevööndis roo käsitsi niitmine vees või maismaal oma tarbeks 1. augustist kuni pinnase külmumiseni ning roo mehhaniseeritud ja käsitsi varumine külmunud pinnaselt või jäält; 6) rohkem kui 50 osalejaga rahvaürituse korraldamine; 7) poollooduslike koosluste ilme ja liigikoosseisu tagamiseks vajalik tegevus.
(1) Lubatud on kuni 50 osalejaga rahvaürituse korraldamine selleks ettevalmistamata ja kaitseala valitseja poolt tähistamata kohas. (2) Piiranguvööndis on kaitseala valitseja nõusolekul lubatud: 1) veekogude veetaseme ja kaldajoone muutmine; 2) uue maaparandussüsteemi rajamine; 3) Ahunapalu, Emajõe-Ahja, Emajõe suudmeala, Haabsaare, Kantsi, Kuuksaare, Meerapalu, Praaga, Piirissaare, Rebassaare, Puusaarõ, Tornimäe, Uru ja Virvissaare piiranguvööndis tootmisotstarbeta ehitise, kaasa arvatud ajutise ehitise püstitamine; 4) Emajõe-Ahja, Praaga ja Emajõe suudmeala piiranguvööndis sadama ning sadamaehitiste ehitamine; 5) Ahunapalu, Haabsaare, Meerapalu, Kantsi, Kuuksaare, Praaga, Rebassaare, Puusaarõ, Tornimäe, Uru ja Virvissaare piiranguvööndis puidu kokku- ja väljavedu külmumata pinnasel; 6) Ahunapalu, Emajõe-Ahja, Haabsaare, Kantsi, Kuuksaare, Praaga, Rebassaare, Puusaarõ, Tornimäe, Uru ja Virvissaare piiranguvööndis roo varumine külmumata pinnasel; 7) Piirissaare ja Emajõe suudmeala piiranguvööndis roo käsitsi niitmine vees või maismaal oma tarbeks 1. augustist kuni pinnase külmumiseni; 8) rohkem kui 50 osalejaga rahvaürituse korraldamine selleks ettevalmistamata ja kaitseala valitseja poolt tähistamata kohas. (3) Kaitseala valitseja nõusolekul on piiranguvööndis, välja arvatud Piirissaare piiranguvööndis, lubatud uuendusraie, arvestades järgmisi tingimusi: 1) turberaie on lubatud kuni 5 ha suuruse langina; 2) lageraie on lubatud kuusikutes ja hall-lepikutes kuni 1 ha suuruse langina; 3) raiete tegemisel metsamaal tuleb säilitada puistu liikide ja vanuse mitmekesisus. (4) Elustiku mitmekesisuse säilitamiseks tuleb jätta raielangile hektari kohta alles vähemalt 20 tihumeetrit puid, mida ei koristata ja mis jäävad metsa alatiseks. Elustiku mitmekesisuse tagamiseks alles jäetavad puud valitakse eri puuliikide esimese rinde suurima diameetriga puude hulgast, eelistades kõvalehtpuid, mände ja haabasid, samuti eritunnustega, näiteks põlemisjälgede, õõnsuste, tuuleluudade või suurte okstega puid.