(1) Toetuse väljamaksete tegemisel lähtutakse perioodi 2014–2020 struktuuritoetuse seaduse §-dest 28 ja 29, ühendmääruse §-dest 11–15 ja 18 ning määruses ja taotluse rahuldamise otsuses sätestatud maksete tegemise täpsustavatest tingimustest ja korrast.
(2) Käesoleva määruse § 7 lõike 1 punktis 2 nimetatud kulud hüvitatakse vastavalt ühendmääruse § 15 lõigetele 1 ja 4. Ülejäänud § 7 lõikes 1 nimetatud kulud hüvitatakse tegelike kulude alusel vastavalt ühendmääruse § 14 lõike 1 punktile 1.
(3) Toetuse saaja esitab maksetaotluse struktuuritoetuse registri kaudu või registri väliselt rakendusüksuse poolt väljatöötatud vormil. Kui toetuse saaja ei ole riigiasutus, esitab ta maksetaotluse kord kvartalis.
(4) Kui toetuse saaja on riigiasutus, kasutatakse kulude maksmiseks välisabi sildfinantseerimist kooskõlas rahandusministri 10. septembri 2014. a määrusega nr 30 „Kassalise teenindamise eeskiri”. Toetuse saaja esitab maksetaotluse tekkinud ja makstud riigihanke piirmääraga võrdse või seda ületava maksumuse korral abikõlblike kulude kohta korra kuus ja muudel juhtudel vähemalt kord kvartalis.
(5) Ettemakseid võib toetuse saajale põhjendatud juhtudel teha järgmiselt: 1) toetuse saajale, kes ei ole riigiasutus ega äriühing, ühendmääruse § 18 lõike 1 punktis 1 ja lõikes 2 kehtestatud tingimustel ning ettemaksena saadud toetuse kasutamise tõendamisel juhindutakse ühendmääruse § 18 lõigetest 9–12; 2) toetuse saajale, kes ei ole riigiasutus, ühendmääruse § 18 lõike 1 punktis 2 kehtestatud tingimustel ning ettemaksena saadud toetuse kasutamise tõendamisel juhindutakse ühendmääruse § 18 lõikest 13; 3) ettemaksete tegemisel ei või ettemaksetena välja maksta viimast 5% määratud toetusest.
(6) Pärast maksetaotluse saamist kontrollib rakendusüksus maksetaotluses esitatud kulude abikõlblikkust ja toetuse saaja kohustuste nõuetekohast täitmist mitte kauem kui 90 kalendripäeva jooksul, käesoleva paragrahvi lõike 5 punktis 1 nimetatud tingimustel toetuse andmisel 15 kalendripäeva jooksul.
(7) Rakendusüksus võib peatada maksetaotluse ja ettemakse kasutamise aruande menetlemise osaliselt või täielikult perioodi 2014–2020 struktuuritoetuse seaduse § 30 lõikes 1 sätestatud juhul.
(8) Kui toetuse maksetaotluse menetlemisel ilmneb maksetaotluses puudus, mida on võimalik määratud tähtaja jooksul kõrvalda, siis võib rakendusüksus määrata puuduse kõrvaldamiseks tähtaja vastavalt perioodi 2014–2020 struktuuritoetuse seaduse § 30 lõikele 2.
(9) Viimane maksetaotlus esitatakse koos toetatavate tegevuste elluviimise lõpparuandega. Lõppmakse tehakse pärast, projekti tegevuste elluviimise ja tulemuste saavutamise, projekti kulude abikõlblikkuse ja makstuse tõendamist ning lõpparuande kinnitamist. Lõpparuande kinnitamiseni makstakse toetusest välja kuni 95% projektile taotluse rahuldamise otsusega eraldatud toetuse summast.