Rakendusüksuse või rakendusasutuse toimingu või otsuse peale tuleb enne halduskohtusse kaebuse esitamist esitada vaie rakendusasutuselerakendusüksusele vastavalt perioodi 2014–2020 struktuuritoetuse seaduse §-le 51. Juhul kui vaie esitatakse rakendusüksuseRakendusasutuse toimingu või otsuse peale, esitatakse tuleb enne halduskohtusse kaebuse esitamist esitada vaie läbi rakendusüksuse rakendusasutusele. Vaie vaadatakse läbi haldusmenetluse seaduses sätestatud korras. Vastavalt perioodi 2014–2020 struktuuritoetuse seaduse § 51 lõikele 3 on sätestatud vaide läbivaatamise tähtaeg 30 päeva.