(1) Akadeemia koosneb järgmistest allüksustest: 1) rakendusuuringute osakond; 2) sõja- ja katastroofimeditsiinikeskus; 3) toetusteenuste osakond; 4) õppeosakond; 5) õppurkorpus; 6) ülema administratsioonhaldusosakond.
(2) Akadeemia allüksust juhib allüksuse juht, kes allub vahetult akadeemia ülemale.
(3) Akadeemia allüksus tegutseb põhimääruse alusel, mille kinnitab akadeemia ülem.
(1) Rakendusuuringute osakond korraldab ja koordineerib riigikaitselist teadus- ja arendustegevust Kaitseväe väevõimete arendamiseks.
(2) Sõja- ja katastroofimeditsiinikeskus korraldab sõja- ja katastroofimeditsiini õpet akadeemias ja akadeemia koostööpartneritele, osutab tervishoiuteenust ning tegeleb teadus- ja arendustegevusega sõja- ja katastroofimeditsiini valdkonnas.
(3) Toetusteenuste osakond korraldab akadeemia side- ja infotehnoloogilist teenindamist, osutab õppevara- ja transporditeenust ning haldab ja hangib akadeemia tegevuseks vajalikku vara ning varusid.4
(4) Õppeosakond korraldab tasemeõpet ja täienduskoolitust ning tegeleb teadus- ja arendustegevusega õppetöös ja sõjateaduses.
(5) Õppurkorpuse ülesanne on osaleda õppetöös kooskõlas õppekavade ja õppekorralduslike eeskirjadega.
(6) Ülema administratsioonHaldusosakond korraldab protokolliteenust, julgeolekualast-, kommunikatsiooni- ning turundustegevust, side- ja infotehnoloogilist teenindamist, osutab õppevara- ja transporditeenust ning haldab ja hangib akadeemia tegevuseks vajalikku vara ja varusid. Osakond toetab akadeemia ülemat tööorganina akadeemia juhtimise planeerimisel, kontrollimisel, aruandlusel ning korraldab protokolliteenust, julgeolekualast ja kommunikatsiooni- ning turundustegevustaruandlusel. Ülema administratsiooniOsakonda juhib akadeemia ülema asetäitja, kes: 1) tagab akadeemia ülemale otsuste tegemiseks vajaliku teabe ja kavandab ülema määratud akadeemiaülesed tegevused; 2) korraldab akadeemiale määratud sõjalise riigikaitse ülesannete ettevalmistamist ja elluviimist.