(1) HAKA moodustavad: 1) kuratoorium; 2) büroo; 3) kõrghariduse hindamisnõukogu; 4) kutsehariduse hindamisnõukogu; 5) täienduskoolituse hindamisnõukogu.
(2) HAKA kuratooriumi koosseisuskoosseis on kuni 11 liigetkehtestatud kõrgharidusseaduse § 37 lõikes 21. Koosseisu kinnitab valdkonna eest vastutav minister neljaks aastaks arvestusega, et ühest asutusest või organisatsioonist ei kuulu kuratooriumisse rohkem kui kaks liiget. HAKA põhiülesannetega seotud huvirühmad, sealhulgas üliõpilased, esitavad kuratooriumi koosseisu oma esindajaid.
(3) HAKA kuratoorium täidab lisaks kõrgharidusseaduse § 37 lõikes 22 sätestatud ülesannetele järgmisi funktsioone: 1) teebesitab ettepanekuid käesoleva määruse 4. peatükkipeatüki „Eesti Hariduse Kvaliteediagentuur” puudutavaid ettepanekuid ning annab kooskõlastuse peatüki muudatustelemuutmiseks; 2) valib hindamisnõukogude liikmed, vaidekomisjonide liikmed ja HAKA juhataja; 3) kinnitab HAKA arengukava ja aastaaruande;kooskõlastab 4) annab soovitusi HAKA arengusuundade ja arendustegevuste kohta; 5) kinnitab HAKA juhataja valimise ja tagasikutsumise korra. peatüki muudatusettepanekud.
(4) HAKA tööd juhib HAKA juhataja, lähtudes HAKA arengukavast, valdkondlikest strateegiatest ning rahvusvahelistest suundumustest. HAKA juhataja allkirjastab HAKA põhiülesannetega seotud teenuslepingud, koostöö- ja finantseerimislepingud ja muud lepingud (sealhulgas rahvusvahelised lepingud) ning vastutab HAKA eelarve täpse ja otstarbeka täitmise eest. HAKA juhatajaga sõlmib ja lõpetab töölepingu peadirektor, lähtudes HAKA kuratooriumi otsusest.
(5) Kõrghariduse hindamisnõukogu: 1) kinnitab kõrghariduse kvaliteedihindamise põhimõtteid ja läbiviimise korda sätestavad regulatsioonid; 2) kinnitab hindamiskomisjonide moodustamise põhimõtted ja komisjoniliikmete kvalifitseerumisnõuded; 3) langetab otsused kõrgkoolide institutsionaalse akrediteerimise ja nende õppekavagruppide kvaliteedi hindamise osas; 4) kooskõlastab temaatilise hindamise aruanded; 5) annab eksperthinnangu õppe kvaliteedile õppeõiguse taotlemisel uues õppekavagrupis.
(6) Kutsehariduse hindamisnõukogu: 1) kinnitab kutsehariduse kvaliteedihindamise põhimõtteid ja läbiviimise korda sätestavad regulatsioonid; 2) kinnitab hindamiskomisjonide moodustamise põhimõtted ja komisjoniliikmete kvalifitseerumisnõuded; 3) langetab otsused kutseõppe õppekavarühmade kvaliteedi hindamise osas; 4) annab eksperthinnangu õppe kvaliteedile õppeõiguse taotlemisel uues õppekavarühmas.
(7) Täienduskoolituse hindamisnõukogu: 1) kinnitab täienduskoolituse kvaliteedihindamise põhimõtted ja läbiviimise korda sätestavad regulatsioonid; 2) kinnitab hindamiskomisjonide moodustamise põhimõtted ja komisjoniliikmete kvalifitseerumisnõuded; 3) langetab otsused täienduskoolituse kvaliteedi hindamise osas.
(8) HAKA juures tegutsevad sõltumatud vaidekomisjonid, kelle ülesanne on esitada hindamisnõukogule erapooletu arvamus nõukogu toimingute või nõukogu haldusotsuste suhtes esitatud vaide põhjendatuse kohta.