Vabariigi Valitsuse 9. veebruari 1999. a määrusega nr 53 „Kohalikele omavalitsusüksustele eluruumide ehitamiseks või ostmiseks rahaliste vahendite taotlemise ja eraldamise korra kinnitamine” kinnitatud „Kohalikele omavalitsusüksustele eluruumide ehitamiseks või ostmiseks rahaliste vahendite taotlemise ja eraldamise korra” punktides 6, 7, 10, 13 ja 14 asendatakse tekstiosa „Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium” sõnaga „Kliimaministeerium” vastavas käändes.
Vabariigi Valitsuse 6. juuni 2000. a määruse nr 182 „Ametiasutuste pädevus «Geograafilise tähise kaitse seaduse» rakendamisel” § 2 punktis 1 ja § 4 lõike 1 punktis 1 asendatakse sõna „Maaeluministeerium” tekstiosaga „Regionaal- ja Põllumajandusministeerium”.
Vabariigi Valitsuse 20. juuni 2000. a määruses nr 194 „Tsiviilõhusõidukite riikliku registri asutamine ja registri pidamise põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) määruse preambul sõnastatakse järgmiselt: „Määrus kehtestatakse «Lennundusseaduse» § 16 lõike 3 alusel.”; 2) paragrahv 2 sõnastatakse järgmiselt: „§ 2. Registri vastutav töötleja «Tsiviilõhusõidukite riikliku registri» (edaspidi register) vastutav töötleja on Transpordiamet.”; 3) paragrahvi 4 tekstis, § 15 tekstis, § 17 tekstis, § 18 tekstis, § 20 tekstis, § 23 tekstis, § 25 tekstis ning §-des 27 ja 28 asendatakse sõna „volitatud” sõnaga „vastutav” vastavas käändes; 4) paragrahvi 10 punktis 6 asendatakse sõna „Tolliameti” tekstiosaga „Maksu- ja Tolliameti”; 5) paragrahvide 16, 19 ja 33 tekstis asendatakse sõna „Lennuamet” sõnaga „Transpordiamet” vastavas käändes.
Vabariigi Valitsuse 18. juuli 2000. a määruses nr 240 „Eesti õhuruumi kasutamine ja lennuliikluse teenindamine Tallinna lennuinfopiirkonnas” tehakse järgmised muudatused: 1) määruses asendatakse läbivalt sõna „Lennuamet” sõnaga „Transpordiamet” vastavas käändes; 2) paragrahvis 9 asendatakse tekstiosa „Majandus- ja Kommunikatsiooniministeeriumiga” sõnaga „Kliimaministeeriumiga”; 3) paragrahvi 21 teises lauses asendatakse sõna „Keskkonnaministeeriumi” sõnaga „Kliimaministeeriumi”.
Vabariigi Valitsuse 5. augusti 2004. a määruse nr 265 „Eesti hariduse infosüsteemi asutamine ning põhimäärus” § 43 lõike 1 kolmandas lauses asendatakse tekstiosa „majandus- ja kommunikatsiooniministri” sõnadega „majandusvaldkonna eest vastutava ministri”.
Vabariigi Valitsuse 22. septembri 2005. a määruse nr 247 „Teadus- ja Arendusnõukogu põhimäärus” § 3 lõike 1 punktis 4 asendatakse tekstiosa „majandus- ja kommunikatsiooniministrile” sõnadega „majandusvaldkonna eest vastutavale ministrile”.
Vabariigi Valitsuse 19. mai 2005. a määruse nr 108 „Teaduspoliitika komisjoni ja innovatsioonipoliitika komisjoni moodustamise kord ja töökord” § 1 lõikes 2, § 2 lõikes 2 ja § 3 lõikes 2 asendatakse tekstiosa „ettevõtlus- ja infotehnoloogiaminister” sõnadega „majandusvaldkonna eest vastutav minister” vastavas käändes.
Vabariigi Valitsuse 21. oktoobri 2010. a määruse nr 151 „Mootorsõidukijuhi töö-, sõidu- ja puhkeaja järelevalve korralduslikud nõuded” § 7 tekstis asendatakse tekstiosa „Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium” sõnaga „Kliimaministeerium”.
Vabariigi Valitsuse 13. jaanuari 2011. a määruse nr 10 „Vabariigi Valitsuse reglement” § 12 punktid 2–8 sõnastatakse järgmiselt: „2) Euroopa Kohtu kohtuniku kandidaadi, kohtujuristide kandidaadid ja üldkohtu kohtuniku kandidaadi esitab välissuhtlemise valdkonna eest vastutav minister kooskõlastatult justiitsvaldkonna eest vastutava ministriga, kuulanud ära Riigikohtu esimehe, õiguskantsleri ja riigisekretäri arvamuse; 3) kontrollikoja liikme kandidaadi esitab rahandusvaldkonna eest vastutav minister, kuulanud ära riigikontrolöri arvamuse; 4) majandus- ja sotsiaalkomitee seitsme liikme kandidaadid esitab sotsiaalvaldkonna eest vastutav minister kooskõlastatult majandusvaldkonna eest vastutava ministriga ja teiste asjaomaste ministritega, kuulanud ära asjaomaste valitsusväliste organisatsioonide ettepanekud; 5) regioonide komitee seitsme liikme kandidaadid esitab regionaalvaldkonna eest vastutav minister, kuulanud ära üleriigilise kohaliku omavalitsuse üksuste liidu arvamuse; 6) Euroopa Aatomienergiaühenduse teadus- ja tehnikakomitee liikme kandidaadi esitab haridus- ja teadusvaldkonna eest vastutav minister kooskõlastatult energeetikavaldkonna eest vastutava ministriga; 7) Euroopa Aatomienergiaühenduse tarneagentuuri nõuandva komitee liikme kandidaadi esitab energeetikavaldkonna eest vastutav minister kooskõlastatult välissuhtlemise valdkonna eest vastutava ministriga; 8) Euroopa prokuröri kandidaadid esitab justiitsvaldkonna eest vastutav minister.”.
Vabariigi Valitsuse 16. juuni 2011. a määruses nr 75 „Liiklusregistri pidamise põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) paragrahvi 14 lõikest 1 jäetakse välja tekstiosa „majandus- ja kommunikatsiooniministri poolt”; 2) paragrahvi 15 lõikes 1 asendatakse tekstiosa „Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium” sõnaga „Kliimaministeerium”.
Vabariigi Valitsuse 20. oktoobri 2011. a määruses nr 136 „Laste liikluskasvatuse kord” tehakse järgmised muudatused: 1) paragrahvi 3 lõikes 3, § 5 lõikes 6 ning § 8 lõigetes 1 ja 2 asendatakse sõna „Maanteeamet” sõnaga „Transpordiamet” vastavas käändes; 2) paragrahvi 4 lõikes 2 ja § 8 lõikes 2 asendatakse tekstiosa „Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium” sõnaga „Kliimaministeerium” vastavas käändes.
Vabariigi Valitsuse 12. detsembri 2012. a määruse nr 103 „Sadamaregistri pidamise põhimäärus” § 2 tekstis asendatakse tekstiosa „Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium” sõnaga „Kliimaministeerium”.
Vabariigi Valitsuse 19. juuni 2015. a määruse nr 69 „Ehitisregistri põhimäärus” § 4 lõikes 1 ning § 32 lõike 2 punktides 7, 8 ja 13 asendatakse tekstiosa „Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium” sõnaga „Kliimaministeerium”.
Vabariigi Valitsuse 22. oktoobri 2015. a määruses nr 106 „Riikliku ühistranspordiregistri põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) paragrahv 3 sõnastatakse järgmiselt: „§ 3. Registri vastutav töötleja Registri vastutav töötleja on Regionaal- ja Põllumajandusministeerium.”; 2) paragrahvi 7 lõikes 1 ja lõike 2 sissejuhatavas lauseosas, § 9 lõikes 2, § 12 lõigetes 4–6 ning § 15 lõikes 2 asendatakse sõna „volitatud” sõnaga „vastutav” vastavas käändes; 3) paragrahvi 9 lõike 1 punktis 3, § 16 lõikes 3 ning § 17 tekstis asendatakse sõna „Maanteeamet” tekstiosaga „Regionaal- ja Põllumajandusministeerium”; 4) paragrahvi 9 lõike 1 punktis 4 asendatakse tekstiosa „Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium või Maanteeamet, kui talle on ühistranspordiseaduse § 17 lõike 1 punkti 2 alusel pandud ülesanne anda rahvusvahelisi liinilubasid” tekstiosaga „Regionaal- ja Põllumajandusministeerium”; 5) paragrahvi 12 lõikes 3 asendatakse tekstiosa „Majandus- ja Kommunikatsiooniministeeriumi ning Maanteeameti” tekstiosaga „Regionaal- ja Põllumajandusministeeriumi”.
Vabariigi Valitsuse 11. detsembri 2015. a määruses nr 129 „Vabariigi Valitsuse julgeolekukomisjoni põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) paragrahvi 2 lõige 1 sõnastatakse järgmiselt: „
(1)Komisjoni liikmed on peaminister, justiitsminister, kaitseminister, kliimaminister, majandusvaldkonna eest vastutav minister, rahandusminister, siseminister ning välisminister.”; 2) paragrahvi 7¹ lõike 5 punkt 8 sõnastatakse järgmiselt: „8) Kliimaministeerium;”; 3) paragrahvi 7¹ lõike 5 punkt 10 tunnistatakse kehtetuks; 4) paragrahvi 7¹ lõiget 5 täiendatakse punktiga 14¹ järgmises sõnastuses: „14¹) Regionaal- ja Põllumajandusministeerium;”.
Vabariigi Valitsuse 24. märtsi 2016. a määruses nr 39 „Sadama, sadamarajatise ning laeva turvateabe edastamise ja vastuvõtmise kord” tehakse järgmised muudatused: 1) määruses asendatakse läbivalt sõnad „Veeteede Amet” sõnaga „Transpordiamet” vastavas käändes; 2) paragrahvi 3 lõikes 1 ja § 4 lõikes 3 asendatakse tekstiosa „Majandus- ja Kommunikatsiooniministeeriumi” sõnaga „Kliimaministeeriumi”.
Vabariigi Valitsuse 14. veebruari 2019. a määruse nr 10 „Elektrisüsteemi toimimise võrgueeskiri” § 141 lõikes 3 asendatakse tekstiosa „Majandus- ja Kommunikatsiooniministeeriumi” sõnaga „Kliimaministeeriumi”.
Vabariigi Valitsuse 7. novembri 2019. a määruse nr 86 „Taastuvast energiaallikast ja tõhusa koostootmise režiimil energia tootmiseks korraldatava vähempakkumise tingimused ja kord” § 8 lõikes 1 ja § 24 lõikes 2 asendatakse tekstiosa „Majandus- ja Kommunikatsiooniministeeriumi” sõnaga „Kliimaministeeriumi”.