(1) Ameti struktuuri kuuluvad järgmised osakonnad: 1) nakkushaiguste epidemioloogia osakond; 2) keskkonnatervise osakond; 3) kemikaaliohutuse osakond; 4) 5) tervishoiuteenuste osakond; 6) tervishoiu kriisideks valmisoleku osakond; 7) mürgistusteabe osakond; 8) Põhja regionaalosakond; 9) Lõuna regionaalosakond; 10) Ida regionaalosakond; 11) Lääne regionaalosakond; 12) analüüsi- ja arendusosakond; 13) personaliosakond; 14) õigusosakond; 15) kommunikatsiooniosakond; 16) üldosakond.
(2) Nakkushaiguste epidemioloogia osakonna põhiülesanneteks on nakkushaiguste ennetamise, seire, tõrje, epidemioloogilise riskianalüüsi ja riskihindamise tegevuste korraldamine ning nakkushaiguste valdkonda reguleerivates õigusaktides ametile kehtestatud ülesannete täitmine.
(3) Keskkonnatervise osakonna põhiülesanneteks on vee, ilu-, isiku- ja majutusteenusteisikuteenuste ning haridus- ja sotsiaalasutuste terviseohutuse edendamine, planeeringute ja füüsikalistest ning keemilistest teguritest tingitud terviseohtude hindamine ning terviseriskide vähendamine.
(4) Kemikaaliohutuse osakonna põhiülesanneteks on kemikaalide turustamiseelsete tegevuste korraldamine, biotsiidi registreerimistunnistuste ja lubade väljastamine, vastavalt ameti pädevusele toodete terviseohutuse edendamine ning kemikaalide, biotsiidide, detergentide, kosmeetikatoodete ja tubakatoodete alal liikmesriigi pädeva asutuse ülesannete täitmine.
(5) 6
(6) Tervishoiuteenuste osakonna põhiülesanneteks on kiirabiteenuse osutamise korraldamine, tervishoiuteenuse osutajate tegutsemisõiguse haldamine ning tervishoiutöötajate registreerimine, kutsekvalifikatsiooni tunnustamine, tervishoiuteenuse kvaliteedi ja patsiendiohutuse süsteemse arendamise koordineerimine ja toetamine ning tervishoiuteenuse osutamisele kohalduvates õigusaktides ametile kehtestatud ülesannete täitmine.
(7) Tervishoiu kriisideks valmisoleku osakonna põhiülesandeks on tervishoiu hädaolukordadeks ja riigikaitseks valmistumise korraldamine.
(8) Mürgistusteabe osakonna põhiülesanneteks on mürgistusteabe kogumise ja töötlemise tagamine, selle edastamine elanikkonnale ja tervishoiuteenuse osutajatele, antidootide nomenklatuuri, koguste ja jaotuse määramine ning antidootide varu kohta tervishoiuteenuse osutajatele informatsiooni tagamine.
(9) Regionaalosakondade põhiülesanneteks on ameti tegevust reguleerivate õigusaktide ning ameti antud haldusaktide rakendamine enda haldusterritooriumil, sh riikliku ja haldusjärelevalve tegemine ja haldussunni kohaldamine, väärteomenetluse läbiviimine ning ennetus- ja nõustamistegevus lähtuvalt ameti koostatud juhenditest.
(10) Analüüsi- ja arendusosakonna põhiülesanneteks on ameti protsesside ja infotehnoloogilise arendusvajaduse kirjeldamise ja analüüsi ning strateegilise planeerimise koordineerimine ja korraldamine.
(11) Personaliosakonna põhiülesanneteks on ameti personalipoliitika kujundamine ja elluviimine ning personalitöö koordineerimine.
(12) Õigusosakonna põhiülesanneteks on ameti tegevuse, sh õigus- ja haldusaktide õiguspärasuse tagamine, õigusloomes osalemine ning ameti esindamine õiguslikes vaidlustes.
(13) Kommunikatsiooniosakonna põhiülesanneteks on ameti eesmärkide saavutamise toetamiseks professionaalse sise- ja väliskommunikatsiooni ning meediasuhtluse korraldamine.
(14) Üldosakonna põhiülesanneteks on ameti tugifunktsioonide täitmine asjaajamise, dokumendihalduse, kliendihalduse ja arhiivitöö korraldamise, riigivara haldamise, töökeskkonna kujundamise, hangete korraldamise, finantsarvestuse ja eelarvestamise korraldamise valdkonnas.