Vabariigi Valitsuse 26. veebruari 2001. a määruse nr 80 „Asjaajamiskorra ühtsed alused” § 4 lõike 1 punkt 12 sõnastatakse järgmiselt: „12) dokumentide hoidmise ja hävitamise kord kooskõlas „Arhiiviseaduse” § 13 alusel kehtestatud arhiivieeskirjaga (edaspidi „Arhiivieeskiri”)”.
Vabariigi Valitsuse 5. augusti 2004. a määruse nr 265 „Eesti Hariduse Infosüsteemi asutamine ning põhimäärus” § 81 lõikes 2 asendatakse lauseosa „„Arhiiviseaduse” §-dele 34 ja 35” lauseosaga „„Arhiiviseadusele””.
Vabariigi Valitsuse 3. juuni 2003. a määruse nr 164 „Eesti Vabariigis põllumajanduse ja maaelu arendamise liitumiseelse programmi raames antava külade taastamise ja arendamise investeeringutoetuse taotlemise, taotluse menetlemise ja toetuse maksmise kord” §-st 17 jäetakse välja lauseosa „(RT I 1998, 36/37, 552; 1999, 16, 271; 2000, 92, 597; 2001, 88, 531; 93, 565; 2002, 53, 336; 61, 375; 63, 387; 82, 480)”.
Vabariigi Valitsuse 2. oktoobri 2003. a määruse nr 253 „Euroopa Liidu dokumentide menetlemise kord” § 14 esimene lause sõnastatakse järgmiselt: „Euroopa Liidu dokumentide menetlemise käigus saadud ja loodud dokumendid hõlmatakse asutuse dokumentide loetelus ja säilitatakse vastavalt „Arhiiviseaduses” ning „Arhiiviseaduse” § 13 alusel kehtestatud arhiivieeskirjas sätestatule.”.
Vabariigi Valitsuse 13. novembri 2001. a määruse nr 352 „Julgeolekuasutuste riigivara registri asutamine ja registri pidamise põhimäärus” § 16 lõikest 2 jäetakse välja lauseosa „(RT I 1998, 36/37, 552; 1999, 16, 271; 2000, 92, 597)”.
Vabariigi Valitsuse 30. aprilli 2004. a määruse nr 181 „Katseloomade kasvatamise, katseloomadega varustamise ja katseloomade kasutusettevõtetele esitatavad nõuded ning nende ettevõtete tunnustamise kord” §-st 37 jäetakse välja lauseosa „(RT I 1998, 36/37, 552; 1999, 16, 271; 2000, 92, 597; 2001, 88, 531; 93, 565; 2002, 53, 336; 61, 375; 63, 387; 82, 480)”.
Vabariigi Valitsuse 2. mai 1996. a määruses nr 124 „Konkursi- ja atesteerimiskomisjoni põhimääruse, konkursi korraldamise ja atesteerimise korra, atesteerimislehe vormi ja atesteerimislehe täitmise juhendi kinnitamine” tehakse järgmised muudatused: 1) määruse preambulis asendatakse lauseosa „paragrahvi 98 lõike 2 alusel” lauseosaga „paragrahvi 100 lõike 1 alusel”; 2) määrusega kinnitatud „Atesteerimislehe täitmise juhendi” punkti 9 alapunktist 4 jäetakse välja lauseosa „arhiiviseaduse (RT I 1998, 36/37, 552) paragrahvi 42 lõike 7 tähenduses”.
Vabariigi Valitsuse 10. septembri 2002. a määruse nr 286 „Kultuurimälestiseks tunnistamise ja kultuurimälestiseks olemise lõpetamise ning kultuurimälestiste andmete muutmise kord” § 5 lõike 1 punkt 5 sõnastatakse järgmiselt: „5) asi on arhivaal „Arhiiviseaduse” tähenduses.”.
Vabariigi Valitsuse 4. novembri 2010. a määruses nr 156 „Pensionistaaži andmete kogumise ja riiklikku pensionikindlustuse registrisse kandmise kord” tehakse järgmised muudatused: 1) paragrahvi 3 lõikes 2 asendatakse lauseosa „Vabariigi Valitsuse 29. detsembri 1998. a määrusele nr 308 „Arhiivieeskirja kinnitamine”” lauseosaga „„Arhiiviseaduse” § 13 alusel kehtestatud arhiivieeskirjale”; 2) paragrahvi 7 lõikes 2 asendatakse lauseosa „Vabariigi Valitsuse 29. detsembri 1998. a määruses nr 308 „Arhiivieeskirja kinnitamine”” lauseosaga „„Arhiiviseaduse” § 13 alusel kehtestatud arhiivieeskirjas”.
Vabariigi Valitsuse 30. aprilli 2004. a määruses nr 162 „Põllumajandustoetuste ja põllumassiivide registri pidamise põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) määruse preambulist jäetakse välja lauseosa „ja kooskõlas „Andmekogude seaduse” § 32 lõikega 1”; 2) paragrahvi 17 lõikest 1 jäetakse välja lauseosa „(RT I 1996, 16, 271; 2000, 92, 597; 2001, 88, 531; 93, 565; 2002, 53, 336; 61, 375; 63, 387; 82, 480)”; 3) paragrahvi 21 lõike 1 teine lause sõnastatakse järgmiselt: „Registri likvideerimine toimub kooskõlas „Avaliku teabe seaduses” ja „Arhiiviseaduses” sätestatud nõuetega.”.
Vabariigi Valitsuse 21. veebruari 2005. a määruses nr 35 „Ravimiregistri asutamine ja registri pidamise põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) määruse preambul sõnastatakse järgmiselt: „Määrus kehtestatakse „Ravimiseaduse” § 79 lõike 1 alusel.”; 2) paragrahvi 13 lõikest 1 jäetakse välja lauseosa „(RT I 1998, 36/37, 552; 1999, 16, 271; 2000, 92, 597; 2001, 88, 531; 93, 565; 2002, 53, 336; 61, 375; 63, 387; 82, 480; 2004, 28, 188)”.
Vabariigi Valitsuse 18. detsembri 2001. a määruses nr 401 „Riigivapiga ja teiste riiklikult tähtsate turvaelementidega dokumentide plankide ning riigivapiga pitserite näidiste registri asutamine ja registri pidamise põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) määruse preambul sõnastatakse järgmiselt: „Määrus kehtestatakse „Riigivapi seaduse” § 18 lõike 4 alusel.”; 2) paragrahvi 25 tekst sõnastatakse järgmiselt: „Registri laiendamise ja likvideerimise otsustab Vabariigi Valitsus kooskõlas „Avaliku teabe seaduse” ja „Arhiiviseadusega”.”.
Vabariigi Valitsuse 17. detsembri 2002. a määruses nr 405 „„Riikliku ehitisregistri” asutamine ja pidamise põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) määruse preambul sõnastatakse järgmiselt: „Määrus kehtestatakse „Ehitusseaduse” § 55 lõike 2 ja § 76 lõike 2 alusel.”; 2) paragrahvi 8 lõige 1 sõnastatakse järgmiselt: „
(1)Registrit peetakse vastavalt „Ehitusseadusele”, „Avaliku teabe seadusele”, käesolevale määrusele ning muudele õigusaktidele.”; 3) paragrahvi 32 teine lause sõnastatakse järgmiselt: „Registri likvideerimine toimub kooskõlas „Avaliku teabe seaduses” ja „Arhiiviseaduses” sätestatud nõuetega.”.
Vabariigi Valitsuse 13. detsembri 2007. a määruses nr 245 „Surma põhjuste registri asutamine ja registri pidamise põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) määruse preambul sõnastatakse järgmiselt: „Määrus kehtestatakse „Surma põhjuse tuvastamise seaduse” § 32 lõike 3 alusel.”; 2) paragrahvi 12 lõikes 4 asendatakse lauseosa „„Arhiiviseaduse” §-dele 34 ja 35” lauseosaga „„Arhiiviseadusele””.
Vabariigi Valitsuse 26. novembri 2002. a määruse nr 358 „Tagasipöördumistunnistuse ja tagasipöördumise loa väljaandmise tähtajad ning tagasipöördumistunnistuse ja tagasipöördumise loa väljaandmise taotlemisel esitatavate tõendite ja andmete loetelu” §-st 10 jäetakse välja lauseosa „(RT I 1998, 36/37, 552; 1999, 16, 271; 2000, 92, 597; 2001, 88, 531; 93, 565; 2002, 53, 336; 61, 375; 63, 387; 82, 480)”.
Vabariigi Valitsuse 9. oktoobri 2008. a määruse nr 149 „Tervishoiuteenuse osutamise tegevuslubade riikliku registri põhimäärus” § 13 lõikes 2 asendatakse lauseosa „„Arhiiviseaduse” §-dele 34 ja 35” lauseosaga „„Arhiiviseadusele””.
Vabariigi Valitsuse 9. oktoobri 2008. a määruse nr 148 „Tervishoiutöötajate riikliku registri põhimäärus” § 16 lõikes 2 asendatakse lauseosa „„Arhiiviseaduse” §-dele 34 ja 35” lauseosaga „„Arhiiviseadusele””.