Justiitsministri 31. mai 2000. a määruses nr 24 „Justiitsministeeriumi siseauditiosakonna põhimääruse kinnitamine” tehakse järgmised muudatused: 1) määruse paragrahv 1¹ tunnistatakse kehtetuks; 2) paragrahvis 3¹ asendatakse sõna „töötajatelt” sõnadega „ametnikelt ja töötajatelt”; 3) paragrahv 4 sõnastatakse järgmiselt: „§ 4. Siseauditiosakonna tööd juhib osakonnajuhataja, kes koordineerib ja korraldab osakonna tööd vastavalt Justiitsministeeriumi põhimäärusele, käesolevale põhimäärusele ning oma ametijuhendile. Osakonnajuhataja nimetab ametikohale ja vabastab ametikohalt minister kantsleri ettepanekul.”; 4) paragrahvis 6 asendatakse sõnad „Teenistujate teenistuskohustused” sõnadega „Ametnike ja töötajate ülesanded”; 5) paragrahvis 7 asendatakse sõna „teenistujate” sõnaga „ametnike ja töötajate”; 6) paragrahvis 8 asendatakse sõna „teenistuja” sõnaga „ametnik”; 7) määruse IV. osa tunnistatakse kehtetuks.
Justiitsministri 4. juuni 2001. a määruses nr 45 „Üldosakonna põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) määruse preambulist jäetakse välja tekstiosa „ja Vabariigi Valitsuse 23. detsembri 1996. a määrusega nr 319 kinnitatud „Justiitsministeeriumi põhimääruse” punkti 54”; 2) paragrahv 8 sõnastatakse järgmiselt: „§ 8. Osakonna tööd juhib üldosakonna juhataja kohuseid täitev kantsler, kes koordineerib ja korraldab osakonna pädevusse kuuluvate ülesannete täitmist vastavalt Justiitsministeeriumi põhimäärusele, käesolevale põhimäärusele ja muudele õigusaktidele.”; 3) paragrahvi 9 teine lause sõnastatakse järgmiselt: „Talituse juhatajaga sõlmib ja lõpetab töölepingu kantsler.”; 4) paragrahvi 11 punktist 1 jäetakse välja sõnad „ja annab sellest aru kantslerile”; 5) paragrahvi 13 punktis 3 asendatakse sõna „teenistujate” sõnaga „töötajate”; 6) määruse 4. osa tunnistatakse kehtetuks; 7) paragrahvi 16 punktides 2 ja 3¹ ning § 18 punktis 19 asendatakse sõna „ametnikud” sõnadega „ametnikud ja töötajad” vastavas käändes; 8) paragrahvi 16 punktid 4 ja 5 sõnastatakse järgmiselt: „4) juhendab ministeeriumi struktuuriüksuste juhte personali arendamisel ja hindamisel ning osaleb ametnike ja töötajate hindamisel; 5) juhendab ministeeriumi struktuuriüksuste juhte ametnike ja töötajate individuaalse arengu toetamisel;”; 9) paragrahvi 16 punktis 6 asendatakse sõna „töötajate” sõnadega „ametnike ja töötajate”; 10) paragrahvi 16 punkt 9 sõnastatakse järgmiselt: „9) töötab välja ministeeriumi palgajuhendi ning arendab tulemuspalga ja preemiate maksmise süsteemi;”.
Justiitsministri 26. novembri 2002. a määruses nr 76 „Õiguspoliitika osakonna põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) määruses asendatakse läbivalt sõna „amet” sõnaga „ametikoht” vastavas käändes; 2) paragrahvi 3 lõikes 3 ja § 4 lõikes 3 asendatakse sõna „teenistuja” sõnaga „ametnik”; 3) paragrahvi 3 lõike 4 punktis 2 ja § 4 lõike 4 punktides 2–4 asendatakse sõna „teenistujate” sõnadega „ametnike ja töötajate”; 4) paragrahv 6 tunnistatakse kehtetuks.
Justiitsministri 8. juuli 2003. a määruses nr 50 „Vanglate osakonna põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) paragrahvi 3 lõike 4 punktides 2 ja 4, § 4 lõike 4 punktides 2–4 ning § 8¹ punktis 1 asendatakse sõna „teenistujate” sõnadega „ametnike ja töötajate”; 2) paragrahvi 3 lõike 4 punktis 3 ja § 4 lõike 4 punktis 3 asendatakse sõna „teenistusülesannete” sõnaga „ülesannete”; 3) paragrahvi 4 lõikes 3 asendatakse sõna „teenistuja” sõnaga „ametnik”; 4) paragrahv 5 tunnistatakse kehtetuks; 5) paragrahvi 7 punktis 4 asendatakse sõna „teenistujate” sõnaga „teenistuskohtade”; 6) paragrahvi 7 punkt 9 sõnastatakse järgmiselt: „9) vanglate ametnike ja töötajate arendamise ning hindamise koordineerimine ja korraldamine;”.
Justiitsministri 26. novembri 2003. a määruses nr 68 „Kriminaalpoliitika osakonna põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) määruses asendatakse läbivalt sõna „amet” sõnaga „ametikoht” vastavas käändes; 2) paragrahvi 3 lõikes 3 asendatakse sõna „teenistuja” sõnaga „ametnik”; 3) paragrahvi 3 lõike 4 punktides 2 ja 4 ning § 3¹ lõike 4 punktides 3 ja 4 asendatakse sõna „teenistujate” sõnadega „ametnike ja töötajate”; 4) paragrahvi 3¹ lõike 4 punktis 2 asendatakse sõna „töötajate” sõnadega „ametnike ja töötajate”; 5) paragrahv 4 tunnistatakse kehtetuks.
Justiitsministri 14. detsembri 2010. a määruses nr 50 „Justiitshalduspoliitika osakonna põhimäärus” tehakse järgmised muudatused: 1) paragrahvi 3 lõikes 2 ja § 4 lõikes 1 asendatakse sõna „amet” sõnaga „ametikoht” vastavas käändes; 2) paragrahvi 3 lõikes 3 ja § 4 lõikes 3 asendatakse sõna „teenistuja” sõnaga „ametnik”; 3) paragrahvi 4 lõike 4 punktis 2 asendatakse sõna „töötajate” sõnadega „ametnike ja töötajate”; 4) paragrahvi 4 lõike 4 punktides 3 ja 4 asendatakse sõna „teenistujate” sõnadega „ametnike ja töötajate”; 5) paragrahv 5 tunnistatakse kehtetuks; 6) paragrahvi 9 punkt 7 sõnastatakse järgmiselt: „7) korraldab kohtuteenistujate, arendamist ja hindamist, sealhulgas koolitust;”.
Määrus jõustub 1. aprillil 2013. aastal.