Siseauditiosakonna põhiülesanne on anda sõltumatu hinnang ministeeriumi ja ministeeriumi valitsemisalas olevate asutuste sisekontrolli, aruandluse ja tegevuse tulemuslikkuse kohta ning tagada õigeaegne ja objektiivne teave kehtestatud nõuetest kõrvalekaldumiste ning ressursside kasutamise seaduslikkuse, säästlikkuse ja tõhususe põhimõtete rikkumise kohta.
Oma ülesannete täitmiseks on siseauditiosakonnal õigus saada ministeeriumi ja tema valitsemisala ametnikelt ja töötajatelt tööks vajalikke dokumente ning informatsiooni.
Siseauditiosakonna tööd juhib osakonnajuhataja, kes koordineerib ja korraldab osakonna tööd vastavalt Justiitsministeeriumi põhimäärusele, käesolevale põhimäärusele ning oma ametijuhendile. Osakonnajuhataja nimetab ametikohale ja vabastab ametikohalt minister kantsleri ettepanekul.
Siseauditiosakonna juhataja allub vahetult ministrile.
Osakonna tööjaotuse määrab osakonnajuhataja vastavalt oma ametijuhendile. Ametnike ja töötajate ülesanded määratakse nende ametijuhendites.
Osakonnajuhataja korraldab osakonna ametnike ja töötajate ametijuhendite väljatöötamist ning esitab need kinnitamiseks kantslerile.
Osakonnajuhataja äraolekul asendab osakonnajuhatajat tema ettepanekul ministri määratud ametnik.