(1) Ametit juhib peadirektor, kelle nimetab ametisse ja vabastab ametist valdkonna eest vastutav minister kantsleri ettepanekul.
(2) Peadirektori äraolekulPeadirektorit asendab teda peadirektori asetäitja, viimasetema äraolekul peadirektori määratud peadirektori asetäitja või osakonnajuhataja või muu ametnik.
(1) Peadirektor: 1) juhib ameti tööd ja korraldab peadirektori asetäitjaasetäitjate, osakonnajuhatajate ja peadirektorile vahetult alluvate ametnike ja töötajate vahendusel ameti ülesannete täitmist ning vastutab ameti tegevuse tulemuste eest; 2) 3) sõlmib ameti nimel lepinguid ning esindab ametit ja annab volitusi ameti esindamiseks; 4) vastutab ameti tegevust korraldavate õigusaktide täpse ja otstarbeka täitmise eest ning annab kaitseministrile aru ameti tegevusest; 5) teeb seadusega ettenähtud korras teenistuslikku järelevalvet ameti struktuuriüksuste ja ameti töötajate ja ametnike tegevuse üle või teeb teenistusliku järelevalve vahetu teostamise ülesandeks peadirektori asetäitjale või osakonnajuhatajale; 6) nimetab ametisse ja vabastab ametist ametniku ning sõlmib, muudab ja lõpetab töötajaga töölepingu; 7) pärib aru ametnikult ja töötajalt ning kohaldab neile lisatasusid ja määrab ametnikule distsiplinaarkaristusi; 8) kehtestab ameti töökorralduse, asjaajamiskorra, raamatupidamise sise-eeskirja ning muud sisemist töökorraldust reguleerivad juhendid ja korrad, struktuuriüksuste põhimäärused ja ametnike ametijuhendid ning vajadusel töötajate tööjuhendid kooskõlas õigusaktidega; 9) esitab kaitseministrile ettepanekuid ameti eelarve kohta ning valvab eelarve täpse ja otstarbeka täitmise üle; 10) esitab kaitseministrile ettepanekuid ameti tegevusvaldkonna korraldamiseks; 11) moodustab ameti tegevusvaldkonnas tõusetunud küsimuste lahendamiseks nõuandva õigusega alalise või ajutise komisjoni, nõukogu või töörühma ning määrab selle ülesanded ja töökorra; 12) riikliku järelevalve teostamisel annab õigusaktides sätestatud haldusakte; 13) korraldab ameti sisekontrolli rakendamist ja siseauditi tööd; 14) korraldab ameti valdusesse antud riigivara heaperemehelikku kasutamist kooskõlas riigivaraseadusega; 15) korraldab ametis riigisaladuse kaitset; 16) kinnitab ameti nimel väärteomenetluses osalevate ametnike ametikohtade loetelu; 17) korraldab ameti sise- ja väliskommunikatsiooni; 18) täidab muid ülesandeid, mis on talle antud seaduse, Riigikogu otsuse, Vabariigi Presidendi seadluse, Vabariigi Valitsuse määruse või korralduse ning kaitseministri määruse või käskkirjaga, samuti kaitseministri või Kaitseministeeriumi kantsleri või asekantsleri antud ülesandeid.
(2) Peadirektoril on õigus anda õigusaktide alusel teenistusalastes küsimustes käskkirju.
(1) Ameti koosseisus on kuni kaks peadirektori asetäitjaasetäitjat, kelle vastutusvaldkonna ning talle alluvad struktuuriüksused ja teenistuskohad kinnitab peadirektor käskkirjaga.
(2) Peadirektori asetäitja: 1) juhib struktuuriüksuste juhtide kaudu talle alluvate struktuuriüksuste tööd; 2) suunab ja koordineerib oma vastutusvaldkonna tegevusi ametis; 3) esindab ametit peadirektorilt saadud volituste piires; 4) täidab muid peadirektori antud ülesandeid.
(3) Peadirektori asetäitja ülesanded, õigused ja vastutus sätestatakse täpsemalt peadirektori käskkirjaga kinnitatud ametijuhendis.