(1) Linnuraba looduskaitseala2 (edaspidi kaitseala) kaitse-eesmärk on: 1) soomaastiku, jõeluhtade ning sealsete kaitsealuste liikide ja nende elupaikade kaitse; 2) EÜ nõukogu direktiivi 79/409/EMÜ loodusliku linnustiku kaitse kohta I lisas nimetatud liigi, mis on ühtlasi I kategooria kaitsealune liik,kaitsealuste linnuliikide kaljukotka (Aquila chrysaetos) ja metsise (Tetrao urogallus) ning I lisas nimetatud liigi, mis on ühtlasi II kategooria kaitsealune liik,nende elupaikade kaitse; 3) EÜ nõukogu direktiivi 92/43/EMÜ looduslike elupaikade ning loodusliku loomastiku ja taimestiku kaitse kohta (EÜT L 206, 22.07.1992, lk 7‒50) I lisas nimetatud elupaigatüüpide – jõgedekaitse. Need on huumustoitelised järved ja ojadejärvikud (32603160)3, lubjarikkal mullal kuivade niitudejõed ja ojad (6210*3260), loodelood (alvaritealvarid) (6280*), sinihelmikakooslustelamminiidud (6410), lamminiitude (6450), aas-rebasesaba ja ürt-punanupuga niitudeniidud (6510), puisniitudepuisniidud (6530*), rabaderabad (7110*), siirde- ja õõtsiksoodeõõtsiksood (7140), liigirikaste madalsoodenokkheinakooslused (7150), liigirikkad madalsood (7230), vanade loodusmetsadevanad loodusmetsad (9010*), vanade laialehiste metsadevanad laialehised metsad (9020*), rohunditerikaste kuusikuterohunditerikkad kuusikud (9050), puiskarjamaade (9070), soostuvatesoostuvad ja soo-lehtmetsade
lehtmetsad (9080*) ning siirdesoo- ja rabametsaderabametsad (91D0*) kaitse; 4) EÜ nõukogu direktiivi 92/43/EMÜ II lisas nimetatud liikide, mis on ühtlasi II kategooria kaitsealused ja nende elupaikade kaitse. Need liigid on kaunis kuldking (Cypripedium calceolus), ning II lisas nimetatudpüst-linalehik (Thesium ebracteatum), läikiv kurdsirbik (Drepanocladus vernicosus, uue nimega Hamatocaulis vernicosus), eesti soojumikasoojumikas (Saussurea alpina ssp. Esthonicaesthonica) ja saarmasaarmas (Lutra lutra), mis on ühtlasi III kategooria kaitsealused liigid, elupaikade kaitse.
(2) Kaitseala maa-ala jaguneb vastavalt kaitsekorra eripärale ja majandustegevuse piiramise astmele kolmeks sihtkaitsevööndiks ning üheks piiranguvööndiks.
(3) Kaitsealal tuleb arvestada «Looduskaitseseaduses» sätestatud piiranguid käesolevas määruses sätestatud erisustega.
(4) Tulenevalt Vabariigi Valitsuse 5. augusti 2004. a korralduse nr 615-k «Euroopa Komisjonile esitatav Natura 2000 võrgustiku alade nimekiri» lisa 1 punkti 2 alapunktist 181 hõlmab kaitseala Linnuraba loodusala, kus tegevuse kavandamisel tuleb hinnata selle mõju loodusala kaitse-eesmärkidele, arvestades Natura 2000 võrgustiku alade suhtes kehtivaid erisusi.